校车安全涉及诸多管理部门，教育、公安、质监等等。越是多头管理越容易导致权限不清，责任不明。针对这一弊端和焦点问题，草案在责任划分上予以较为详细的规定：

　　首先明确县级以上地方政府对校车安全管理负“总责”。此外，教育部门负责审核校车使用申请，查处学校违规行为等。

　　公安部门主要负责审查校车安全技术条件，办理注册登记并核发校车标牌，审核校车驾驶人资格，查处取缔上路行驶的非法校车等。

　　交通运输、工业和信息化、产品质量监督、安全生产监管等部门按照各自的职责，分别负责校车安全管理的相关工作。

　　草案还指明了国务院教育行政部门、公安部门以及有关部门的职责，要求各司其职、密切配合，共同做好校车安全管理工作。

　　对于这些职责划分，北师大教育学部教授袁桂林表示：“我国各地区之间社会经济发展水平不一，工作重心下移，明晰地方政府责任符合我国国情。在赋予县级政府权责的同时，要求各个部门协同做好工作，思路是很好的。”