对于南科大首批到底招收了多少学生，外界说法不一，有的说45人，有的说46人。2月28日，南科大招生办公室刘老师表示，首批学生的准确数字是45人，其中14人来自深圳，约占总数的三分之一。

　　首批学生主要来源于两个方面，一是报考中科大少年班参加了去年6月份的高考，且超过当地一本分数线的学生；二是来源于高中学校及社会推荐的优秀生源。刘老师透露，这45人中有29人是第二个渠道的生源，即没有参加过高考。

　　对于首届只有45名学生，南科大校长朱清时认为并不算少，“哈佛大学开始创办时才7个学生，任何一个大学新创办时学生都很少。”

　　朱清时坦承，现在最棘手的事情是招人才，今年四五月份，他计划去美国挑选适合南科大的教师，为南科大配备更好的教师资源。

　　深圳市政府批给南方科大每年1000万元应急资金。朱清时表示，对于办大学来说，1000万元是远远不够的，因为要办校、买图书、买各种办公用品。根据当中科大校长的经验，朱清时估计南科大正常运作的话，1年需要有10个亿。